La Compañía de Jesús ha sido hasta la actualidad el organismo más controvertido de la Iglesia Católica. Sus hombres han tenido los mayores elogios, pero también han sido el centro de grandes persecuciones. Cuando el 20 de mayo de 1521, un hidalgo guipuzcoano fue herido de un cañonazo en la defensa de Pamplona, no sabía que iba a convertirse en el fundador de la orden religiosa más famosa de la historia de la Iglesia. Ignacio de Loyola, gran admirador de los caballeros medievales se entregó después de su conversión a seguir el ejemplo de los santos.

El 15 de agosto de 1534, en Montmartre, la Compañía de Jesús nació, como milicia espiritual. El espíritu que impulsó a la fundación de la Compañía de Jesús fue la necesidad de renovación interior de la Iglesia. La nueva orden estaba centralizada y jerarquizada buscando practicar la obediencia con perfección. La formación de los futuros miembros era larga y dura para seleccionar los mejores en el periodo de preparación, expulsando al resto. Su finalidad era la vida activa en el sentido más amplio. Ignacio transformó el Opus Dei medieval en el Opus Animarum renacentista. Los jesuitas debían vencerse a sí mismos para reordenar la vida interior y cumplir después con la voluntad de Dios.

Su alta preparación intelectual empezó a llamar la atención de los príncipes quienes en 1548 mandaron a los primeros escolásticos seglares a los colegios jesuitas para que se formasen con los novicios de éstos. El Colegio Romano (futura Universidad Gregoriana, fue concebida por San Ignacio como el modelo de todos los colegios y por ello acudieron a él los religiosos más eximios de la Compañía. El P. Cristóforo Clavio (1537-1612), fue uno de los primeros docentes, autor de los manuales de Aritmética, Geometría, Álgebra y Astronomía, e introductor de las matemáticas en el proceso educativo. El P. Clavio fue amigo personal de Galileo. Otro fue el P. Christóforo Scheiner (1575-1631), quien descubrió las manchas solares, un par de meses antes que Galileo lo hiciese, y fabricó también el primer telescopio terrestre. Al lado del Colegio Romano, fundó un Museo donde reunió parte de los artilugios e inventos que había utilizado en sus investigaciones. Durante el periodo de los siglos XVI y XVII fundaron 32 observatorios por toda Europa. A los cuales fueron uniéndose otros en diferentes partes del mundo. El más famoso de ellos fue el Observatorio Imperial de Pekín. Siguiendo los pasos del P. Matteo Ricci (1552-1610), matemático y astrónomo del colegio Romano, llegó como misionero a China, donde se colocó como sabio en la corte. Fue el gran introductor de los adelantos técnicos y científicos occidentales en el Imperio del Dragón. Gracias a su sabiduría, consiguió el permiso para evangelizar. Tras su labor, llegó el P. Johann Adam Schall (1592-1666), quien dirigió el observatorio y reformó el calendario chino. Su principal labor era predecir eclipses, lo que hizo con éxito, aunque se salvó de morir decapitado, por intercesión de la emperatriz, cuando fue acusado de predicar una religión prohibida. Su sucesor, el P Ferdinand Verbiest (1623-1688), mantuvo los mismos objetivos, aunque fue el pionero del automóvil, inventando un prototipo de cuatro ruedas que se movía por vapor.

El interés que han demostrado los jesuitas por la astronomía, queda marcado, por ser la luna, el lugar con 35 topónimos de cráteres lunares, denominados cada uno con el nombre de un jesuita: 10 italianos, 6 alemanes, 5 franceses, 3 húngaros, 2 suizos, 2 austríacos, 2 belgas, un español, un escocés, un holandés, un croata y un estadounidense. Uno de ellos, el croata P. Rudjer Joseph Boscovich (1711-1797), fue quien por su intuición, a través de la teoría de Newton, formuló la teoría atómica. Fue uno de los autores leídos por Nicola Tesla.

En otros saberes, el P. Atanasius Kirchner (1602-1680), fue el creador de la Geología Moderna, aunque para ello se internó dentro del Vesubio. En un tiempo de gran expansión apostólica, desde el descubrimiento de América, hasta las Filipinas, los jesuitas que partieron al nuevo continente, pudieron desarrollar la antropología, la botánica y la geografía. En el estudio de las plantas destacarán: el P. José de Acosta (1540-1600); el P. Bernabé Cobo (1582-1657) y el P. Jorge José Kamel (1661-1682), quienes describirán la flora recién descubierta, y su uso medicinal. Con respecto a las nuevas tierras descubiertas, el P. Cristóbal de Acuña (1597-1670), será quien describa la cuenca del Amazonas, del mismo modo, que años antes, su compañero, el P. Pedro Páez (1564-1622), siguiendo la ruta portuguesa hacia Asia, había llegado a Etiopía, y en sus labores misionales, había descubierto las fuentes del Nilo. En el siglo posterior, el P. José Cardiel (1704-1781), dibujo los primeros mapas del nuevo virreinato del Río de la Plata, fundamentalmente la actual Argentina.

Su alta formación les capacitó para a estar en la vanguardia científica, demostrar la armonía existente entre Razón y Fe, e incentivar por su labor pedagógica la vocación investigadora a numerosos futuros científicos que encontraron su camino en la vida, estudiando en sus colegios. Además, durante el periodo del dominio global español, pudieron trasmitir los últimos conocimientos a los más lejanos lugares del mundo. La ciencia ya no tenía fronteras, llegaba a todos por igual.